Hijo de Manuel Pérez de La Valleja y Ramona Justina de la Torre, Juan Antonio nació el 24 de junio de 1784. Su familia tenía dos estancias donde Lavalleja se desempeñó en diversos trabajos rurales.

En 1813, se puso bajo las órdenes de José Artigas, integrándose al segundo sitio de la Plaza de Montevideo, enseguida fue ascendido a capitán.

En el año 1817 contrajo matrimonio con Ana Monterroso, hermana del fraile José Monterroso, con quien tenía un vínculo de amistad desde largo tiempo.

Actuó durante la invasión portuguesa de 1816 y en 1818, Lavalleja fue tomado prisionero en el Arroyo Valentín y posteriormente fue trasladado prisionero a la Isla Das Cobras, donde permaneció por tres años. Una vez liberado, se incorporó al Regimiento de Dragones de la Unión, bajo la orden de Fructuoso Rivera.

En 1824, el peso político de Lavalleja, era importante entre los emigrados por razones políticas que se encontraban dispersos por las Provincias Unidas y planeaban la invasión de la Provincia Cisplatina.

En 1825, Lavalleja fue el jefe de la expedición que desembarcó el 19 de abril, en las costas del río Uruguay, en la playa de la Agraciada.

El 14 de junio de 1825 se estableció en Florida un Gobierno Provisorio bajo la presidencia de Manuel Calleros. Una de las medidas del gobierno fue ascender a Lavalleja como Brigadier General y a Fructuoso Rivera como Inspector de Armas.

El 25 de agosto de 1825, la Sala de Representantes, proclamó la independencia de la provincia y de inmediato declaró su unión a las demás provincias “de la América del Sur”.

Durante los conflictos entre Buenos Aires y el Imperio de Brasil, Lavalleja fue incorporado al ejército republicano, se dirigió a Río Grande del Sur, y participó en la batalla de Ituzaingó, el 20 de Febrero de 1827.

En 1832, durante la presidencia de Rivera, Lavalleja organizó un ataque que culminó con su derrota y fue obligado a refugiarse en Brasil. En el año 1834, con el apoyo de Juan Manuel de Rosas, invadió el territorio oriental siendo nuevamente derrotado.

Tras la Guerra Grande (1839 – 1852), Lavalleja se instaló en el campo del Cerrito. Culminada la guerra se reincorporó al ejército como Brigadier General y tiempo más tarde fue nombrado Comandante en la 2ª Sección Militar.

En 1853 formó parte del Triunvirato de Gobierno, que a partir del 25 de setiembre sustituyó al gobierno constitucional de Juan Francisco Giró. Falleció en Montevideo, el 22 de octubre de 1853.